Τα όργανα Διοίκησης του Παιδαγωγικού Τμήματος Νηπιαγωγών, σύμφωνα με το Νόμο 1268/82, είναι:
- η Γενική Συνέλευση (Γ.Σ.) και
- ο Πρόεδρος με τον Αναπληρωτή του (η θέση του Αναπληρωτή Προέδρου θεσμοθετήθηκε με τον Ν. 1566/85). Ο Αναπληρωτής Πρόεδρος αναπληρώνει τον Πρόεδρο, όταν αυτός λείπει, απουσιάζει ή κωλύεται.
Ως προς το νομικό καθεστώς των αρμοδιοτήτων των οργάνων αυτών εφαρμόζονται οι διατάξεις που ίσχυαν πριν τη θέση σε ισχύ του ν. 4009/2011 (Α΄ 195).
Ο Πρόεδρος του Τμήματος εκλέγεται από τους Καθηγητές και τους υπηρετούντες Λέκτορες του Τμήματος με άμεση, μυστική και καθολική ψηφοφορία και έχει διετή θητεία. {Άρθρο 10 – Όργανα του τμήματος του ν. 4009/ 2011 (Α΄ 195). Οι παράγραφοι 1 και 2 του άρθρου 10 τροποποιήθηκαν όπως παραπάνω βάσει της παρ. 1 του άρθρου 4 του ν. 4076/2012 (Α΄159) }.
Η Συνέλευση του Τμήματος αποτελείται από τους Καθηγητές και τους υπηρετούντες Λέκτορες του Τμήματος, σύμφωνα με όσα προβλέπονταν από τις διατάξεις που ίσχυαν κατά την έναρξη ισχύος του ν. 4009/2011 (Α΄ 195), έναν εκπρόσωπο, ανά κατηγορία, των μελών του Ειδικού Εκπαιδευτικού Προσωπικού (ΕΕΠ), των μελών του Εργαστηριακού Διδακτικού Προσωπικού (ΕΔΙΠ) και των μελών του Ειδικού Τεχνικού Εργαστηριακού Προσωπικού (ΕΤΕΠ), καθώς και δύο εκπροσώπους των φοιτητών του Τμήματος (έναν προπτυχιακό και έναν μεταπτυχιακό φοιτητή). Οι εκπρόσωποι των μελών του Ειδικού Εκπαιδευτικού Προσωπικού (ΕΕΠ), του Εργαστηριακού Διδακτικού Προσωπικού (ΕΔΙΠ) και του Ειδικού Τεχνικού Εργαστηριακού Προσωπικού (ΕΤΕΠ) εκλέγονται με άμεση, καθολική και μυστική ψηφοφορία μεταξύ των αντίστοιχων μελών τους. Για την εκπροσώπηση των φοιτητών εφαρμόζεται αναλογικά το άρθρο 49 του παρόντος νόμου. {Άρθρο 10 – Όργανα του τμήματος του ν. 4009/ 2011 (Α΄ 195), παραγρ. 5}.
Η Γενική Συνέλευση ασκεί τις αρμοδιότητες που προβλέπει ο Ν. 2083/92, άρθρο 4. Σε γενικές γραμμές αποφασίζει για θέματα, όπως είναι το πρόγραμμα σπουδών και ο κανονισμός σπουδών, οι αναθέσεις διδασκαλίας, τα συγγράμματα, η κατανομή πιστώσεων, οι προκηρύξεις κενών θέσεων μελών Δ.Ε.Π., και για κάθε άλλο θέμα που μπορεί να απασχολήσει το Τμήμα.
Επειδή στο Π.Τ.Ν. του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων δεν υφίσταται Διοικητικό Συμβούλιο, λόγω της μη ύπαρξης τομέων, όλες οι αρμοδιότητες αυτού μεταφέρονται στη Γ.Σ.
Ο Πρόεδρος του Τμήματος συγκαλεί τη Γ.Σ., καταρτίζει την ημερήσια διάταξή της και προεδρεύει στις εργασίες της. Εισηγείται στη Γ.Σ. για τα διάφορα θέματα της αρμοδιότητάς της, τηρεί μητρώα επιστημονικής δραστηριότητας κάθε μέλους του, μεριμνά για την εφαρμογή των αποφάσεων της Γ.Σ., συγκροτεί επιτροπές για τη μελέτη και διεκπεραίωση συγκεκριμένων θεμάτων, προΐσταται των υπηρεσιών του Τμήματος και είναι υπεύθυνος για την εκτέλεση των αποφάσεων της Γ.Σ.
Το ανώτερο συλλογικό όργανο του Πανεπιστημίου είναι η Σύγκλητος.
{Άρθρο 8 – Όργανα του ιδρύματος {N. 4009/2011 «Δομή, λειτουργία, διασφάλιση της ποιότητας των σπουδών και διεθνοποίηση των ανωτάτων εκπαιδευτικών ιδρυμάτων.» (ΦΕΚ Α’ 195/06-09-2011)}
{Το άρθρο αυτό έχει διαμορφωθεί σύμφωνα με τις τροποποιήσεις των νόμων: α) Ν. 4025/2011 «Ανασυγκρότηση Φορέων Κοινωνικής Αλληλεγγύης, Κέντρα Αποκατάστασης, Αναδιάρθρωση Ε.Σ.Υ. και άλλες διατάξεις.» (ΦΕΚ Α΄ 228/02-11-2011) και β) Ν. 4076/2012 «Ρυθμίσεις θεμάτων Ανωτάτων Εκπαιδευτικών Ιδρυμάτων και άλλες διατάξεις.» (ΦΕΚ Α΄ 159/10-08-2012)}.
Η Σύγκλητος αποτελείται από:
- τον πρύτανη,
- τους κοσμήτορες, [Η περίπτωση γ΄ της παραγράφου 19 του άρθρου 8 του ν. 4009/2011 (Α΄ 195) τροποποιείται βάσει της παρ. 10 του άρθρου 2 του ν. 4076/2012 (Α΄159) ως εξής:]
- τους Προέδρους των Τμημάτων και μέχρι δύο ανά Σχολή, με διετή θητεία μη ανανεούμενη, με εναλλαγή των σχολών και μέχρις ότου εξαντληθεί το σύνολο των Τμημάτων της κάθε Σχολής. Ο τρόπος καθορισμού της εκπροσώπησης των Προέδρων ορίζεται με απόφαση του Πρύτανη, η οποία εκδίδεται άπαξ.
- έναν εκπρόσωπο των προπτυχιακών φοιτητών, έναν των μεταπτυχιακών φοιτητών και έναν εκπρόσωπο των υποψήφιων διδακτόρων, όπου υπάρχουν, οι οποίοι εκλέγονται για ετήσια θητεία χωρίς δυνατότητα επανεκλογής,
- έναν εκπρόσωπο κάθε κατηγορίας προσωπικού που προβλέπεται στα άρθρα 28 και 29, με διετή θητεία, χωρίς δυνατότητα επανεκλογής, που εκλέγεται από ενιαίο ψηφοδέλτιο με καθολική ψηφοφορία των μελών της οικείας κατηγορίας προσωπικού και συμμετέχει, με δικαίωμα ψήφου, όταν συζητούνται θέματα που αφορούν ζητήματα της αντίστοιχης κατηγορίας προσωπικού.
Η ακριβής σύνθεση και ο αριθμός των μελών της Συγκλήτου με δικαίωμα ψήφου, καθώς και οι προϋποθέσεις και κάθε θέμα σχετικό με την εφαρμογή των ανωτέρω, προβλέπονται στον Οργανισμό και τον Εσωτερικό Κανονισμό του ιδρύματος, αντίστοιχα.
Στις συνεδριάσεις της Συγκλήτου παρίστανται, χωρίς δικαίωμα ψήφου, οι αναπληρωτές του πρύτανη και ο γραμματέας του ιδρύματος.
Στις συνεδριάσεις της Συγκλήτου παρίσταται χωρίς δικαίωμα ψήφου ο Προϊστάμενος της Γραμματείας του Πανεπιστημίου.